明朝的军制，开初是寓兵于农。明太祖朱元璋实行军民分籍制度，编为军户的农民世代为兵。政府把他们按照卫所的编制组织起来，进行屯田。沿边卫所三分守城，七分屯种；内地二分守城，八分屯种。每名军士给田五十亩和耕牛农具。收获所得以十二石归军士自己食用，余下的作为本卫所军官的俸粮和储积。在这种制度下，政府只对屯田情况进行督察，不用给饷。所以朱元璋曾不无得意地说：吾养兵百万，不费民间一粒粟。可是，后来法久弊生，军队的屯田多被军官、豪右和内监占夺。即如卢象升所言：“塞上民田少而军地多。因循日久，俱为豪右所占。是以屯日益窘，军日益贫。甚至当军者无地，种地者非军，豪强侵霸以肥家，公私因是而交困。”英宗以后，沿边的战事逐渐增多，“疆场戒严”，相应而来的是军队训练和戍守的时间增加，农事自然受到影响。还有不少屯地被持敌对态度的少数民族所占领，出现“田在敌外”的情况。军屯既败坏得有名无实，商屯又由于开中盐法的废弛而破坏无遗，朝廷只有从国家财政中拨给饷银。万历以后，国家财政入不敷出，拖欠军饷的情况越来越严重。加上官吏的克扣，士卒能领到的饷银就很少了。在明末灾荒连年，粮价陡涨的情况下，士兵的生活更陷于绝境。天启七年八月，陕西巡抚胡廷宴的疏中说：
“临巩边饷缺至五，六年，数至二十余万；靖卤边堡缺二年、三年不等；固镇京运自万历四十七年至天启六年，共欠银十五万九千余两。各军始犹典衣卖箭，今则鬻子出妻；始犹沿街乞食，今则离伍潜逃；始犹沙中偶语，今则公然噪喊矣。”
崇祯年间，卢象升任宣大总督时，在巡视山西边防后给朝廷的报告中说：
“今逋饷愈多，饥寒逼体。向之那钱借债勉制弓矢枪刀，依然典卖矣。多兵摆列武场，金风如箭，馁而病、僵而仆者且纷纷见告矣。每点一兵，有单衣者，有无袴者，有少鞋袜者，臣见之不觉潸然泪下。”
在另一件奏疏里，他又说：
“所辖之军，其饷银自去年十一、二月到今，分毫未领也。各军兵虽复摆墙立队，乘马荷戈，而但有人形，全无生趣。往时见臣督临，犹跪路跪门，纷纷告讨。此番则皆垂首丧气而已。彼其心岂不甚苦，势岂不甚危，情岂不甚迫？盖知臣无以应之，讨亦如是，不讨亦如是，故付之含泪不言耳。微臣知此，亦不觉泪从心底出也。况时值隆冬，地居极塞，胡风朔雪，刺骨寒心，微臣马上重裘，犹然色战难忍，随巡员役，且有僵而堕马者。此辈经年戍守，身无挂体之裳，日鲜一餐之饱。夫独非圣明宇下苍生、臣等怀中赤子乎？铤而走险，所不忍言，立而视死，亦不忍见。一镇如此，三镇可知。”
军政败坏还表现为军队战斗力严重削弱，兵变和逃亡层出不穷，军事纪律废弛已极。
明末官军战斗力的脆弱，无论在对满洲贵族的战争中，还是在镇压农民起义的过程中，都可以举出大量的例证，这里就不细说。只附带谈一下家丁和亲军的问题。明后期，将领克扣士卒粮饷是一个极其普遍的现象。他们用脧削所得，过着花天酒地的糜烂生活，且向兵部官员、监视太监和纪功御史等人行贿，营求升迁或开脱罪责。这就决定了他们同士卒的矛盾必然激化，平时摩擦甚多，战时更不可能做到上下齐心。将领们为了保住自己的性命和地位，采取了自养家丁的办法。他们把克扣来的钱财拿出一部分，豢养一小批经过挑选的士兵，给予较好的生活待遇和马匹器械等装备。将领即便革职离任，家丁也依旧由他们带回原籍供养。这样，到了关键时刻，家丁就成了将领邀功的王牌或逃命的盾牌。戴笠曾经指出，明朝边将“一万额兵，止有六千，以四千为交际、自给、养家丁之用。沿袭既久，惟仗家丁以护遁、冒功，而视彼六千为弃物。弃物多而家丁少，终不能以御敌。”可见，家丁制度是明朝后期军政败坏情况下出现的一种畸形产物，它标志着官军逐渐由维护整个地主阶级统治的力量，蜕变成为将领们谋取个人私利的工具。正是由于存在着这种不成文的家丁制度，我们在论述明末官军时，既要看到它在总体上十分虚弱，又要看到那些军阀们在个别场合，还是可以拿出一批亡命之徒来孤注一掷。
明末的兵变是统治集团危机的一个重要表现。万历以来，军队由于缺饷而哗变的事件已时有所闻。天启年间，福宁、杭州等地也先后发生兵变，还有援辽军队哗变于河北玉田县的事。崇祯年间，情况更为严重，以至于“饥军哗逃，报无虚日。”如元年七月，辽东宁远官军缺饷四个月，士卒们枵腹难忍，群起哗变。辽东巡抚毕自肃、宁远总兵朱梅都被叛兵捉住，“棰击交下”，毕自肃惭愤自尽。又如二年底至三年初，山西勤王兵哗于近畿，甘肃勤王兵哗于安定；崇祯八年，川军哗变，总兵邓玘被火焚死；崇祯九年，宁夏饥卒因缺饷而哗变，巡抚王揖被杀。这仅是其中比较典型的例子。哗变的兵丁有一部分参加了农民起义，由于他们受过正规的军事训练，对于提高农民军的作战能力起了一定作用。
明末官军纪律的败坏，达到了令人难以置信的程度。如史籍中所说，“今官兵所至，动以打粮为名，劫商贾，搜居积，淫妇女，焚室庐。小民畏兵，甚于畏贼。”崇祯八年，户部尚书侯恂给陕西三边总督洪承畴的信里说：“贼来兵去，兵去贼来。贼掠于前，兵掠于后。贼掠如梳，兵掠如剃。总督之令不能行于将帅，将帅之令不能行于士卒。今日之事，其何以济！”
军纪败坏的一个重要表现，是所谓“杀良冒功”。明朝廷为了鼓舞士气，立下了赏格，规定斩首一级赏银三两，后来又增加到五两；将校也以获级多寡论功行赏。于是官军往往对手无寸铁的平民滥施屠杀。如天启四年，蓟辽经略孙承宗在谈到辽东官军滥杀无辜时指出：“甚至喑哑孤儿，立杀受赏。”崇祯四年，陕西副总兵赵大胤在韩城，“报斩贼五十级、而妇孺之首三十有五。”五年，山西兵追剿起义军进入河南，“其将使县令报功。令曰：‘无首级何以报？’将曰：‘易耳！’少顷，进千级，其中有庠士八十余人。”崇祯十一年，清兵深入畿辅，退出后，明总兵王朴纵兵斩居民首冒功。时人钱天锡作《哀庆都歌》云：“各携利刃争相逐，函首忙报将与督。哄然攘臂受赐金，屠尽一家与九属。”在河南商邱，甚至出现官军追杀平民，口称“借脑袋献功”。官军的纪律败坏不仅给广大群众带来极大的灾难，就连地主、官绅之家也往往受到他们的侵害。因此，在明末社会舆论以至奏章中，“贼梳兵篦”之类的说法屡见不鲜。这正是后来李自成起义军提出“剿兵安民”口号的背景。