明末农民战争，在本来意义上不仅包括了起自陕西的农民大起义，也包括了这一时期各地人民反对封建统治的斗争。当李自成、张献忠领导的农民军为推翻明王朝而大显身手的时候，许多地方性的农民起义也风起云涌，充分体现了明末农民战争的广度和深度。
从总体来看，明末农民战争在南方和北方的发展是不平衡的。北方的农民起义经历了一个由星星之火到燃成熊熊之焰的全过程。在明末农民战争进入高潮的时候，不仅形成了以李自成、张献忠为首的两大主力军，而且地方性的农民起义也多得很。在河南，几乎到处都有所谓的“土贼”，出现了所谓“流土交讧”的局面。在山东济南、兖州、东昌三府，到崇祯十四年已经是“无民非贼”，“势成燎原”，使明朝廷同东南地区的联系往来不得不改道青州府。梁山山区李青山的起义具有相当的规模。这支队伍在崇祯十四年十月间曾一举攻克东平和张秋，缴获漕粮数万石，切断了沟通南北的运河。直到次年正月，才被统治者用狡诈的手腕镇压下去。此外，在山西、河北、江苏北部，都爆发了农民反政府的起义。在大顺军占领整个黄河流域以后，就根本改变了当地阶级对抗的局势，小股的农民起义，象江河入海一样同大顺农民革命汇合在一起。南方的情况则有所不同。这里发生的起义一般都比较分散，规模也比较小，特别是在时间上晚于北方的农民起义。大约在崇祯十年以后，南方的农民起义才有逐渐增多的趋势。例如，湖南有临武、蓝山的所谓“矿贼”，声势最盛时曾达到“残破三湘、直至洞庭”的规模；广东有“阎罗总”等山寇；福建有姜世英起义，“纠众数万”，攻入广东饶平、大埔地区，一度包围了潮州；江西有吉安的吕疲子起义以及万载的丘仰寰领导的棚民起义，等等。这些起义都打击了当地的明政府和乡绅势力，但在规模和作用上，毕竟不能同起自陕西的农民军相比。
其次，在南方，利用宗教组织群众展开斗争还比较常见。明后期，随着社会矛盾的激化，人民群众利用秘密结社进行反政府的活动是非常普遍的，无论在北方还是在南方都是如此。然而，北方农民在宗教掩护下举行起义一般是早期的现象，如著名的徐鸿儒、于弘志起义，便是在天启年间爆发的。到崇祯年间，河南杞县还爆发过白莲教起义。但在大多数情况下，起义群众已经不需要借用宗教的说教，而是鲜明地提出了自己在经济上和政治上的主张；起义的领导者也不再需要利用秘密结社的方式来组织群众，因为他们自己就是在群众的自发的武装斗争中涌现出来的。所以，尽管有确切的材料证明各种秘密结社在北方各地进行过长期的活动，拥有大量信徒，但在农民起义进入高潮以后，秘密结社却成了一种过时的形式而被淘汰了。南方的阶级矛盾虽说也尖锐，但相对而言不如北方，披着宗教外衣进行反抗活动，仍有其存在的客观必要。崇祯十一年二月，江西有“铅山妖人张普微，倡无为教聚众起兵。”崇祯十六年，江西龙南、定南又有“密教杨细徕以妖言惑众”。史载：“细徕系定南何氏家奴，流浪外乡数载。突归，自称遇师指引，今当弥勒下界，谬以天翻地覆、铜风铁雨恐吓愚民，必入其教始得免劫。因是煽惑男妇以千万计，立教堂于定南县樟田，密约从教者俱于本年六月初一日齐赴龙华会。一时愚民哄动，有弃其父母妻子产业而不顾者。至晚，细徕密谕腹徒，各选精丁，授以兵具，诡云至下历司踏胜地举刃疾呼，其城自崩。至司试其术不验。营兵发炮伤数人，众悉奔溃。”杨细徕也被俘杀。
在指出南方的农民起义相对落后于北方的同时，也应当看到随着明末农民战争的迅猛发展，明王朝统治危机的全面加深，南方同北方的差距在不断缩小。这首先表现在，崇祯后期爆发于南方的一些农民起义，提出的口号和斗争目标具有鲜明的革命性；其次也反映在明王朝覆亡后，南方各地奴变、佃变的广泛发动方面。
先说第一点。崇祯末年，南方的某些农民起义提出的口号很值得注意，它们往往体现了农民们在政治上已经达到相当高的觉悟水平。崇祯九年，湖南临武、蓝山的农民和矿徒起义，领导人郭子奴自号铲平王。在一两年之内，他们向北连克湘潭、湘乡等县；向南进逼广东乳源、韶州；西出永州，围困广西全州；一时兵威大震。明朝廷被迫在崇祯十一年，诏令两广总督张镜心，会同偏沅巡抚陈睿谟、虔南巡抚王之良、江右巡抚解学龙、粤西巡抚林贽，组织四省官军围剿。从三月到八月历时半载，官军才依仗优势力量，把这次起义镇压下去。这次起义虽然失败了，影响却是深远的。过了六、七年，江西的农民又举起了铲平王的旗帜，要求铲除社会地位和财富占有上的不平等现象。有的起义一开始就提出了明确的斗争目标，具有重大的政治意义。如崇祯十六年十二月，浙江奉化县胡乘龙，领导当地农民在雪窦山起义，“自称天萌国大将军”，“改元宗贞，谓于崇祯去其头、剥其皮也”。所谓“天萌国”估计具有压倒“大明”的意思。胡乘龙的起义虽然很快就被封建官府所扼杀，但他们斗争的矛头，一开始便直接指向了明帝国和它的最高统治者，没有经历一个“只反贪官，不反皇帝”的幼稚阶段。同年三月，湖南武岗州农民的抗暴斗争，更是震惊一时。武岗是明代岷王分封的地方，由于“藩禄日增，厘饷岁益”，农民们已经被压榨得喘不过气来。岷王朱企钅豊骄奢淫佚，早就“蓄怨于远迩”。当农民起义席卷神州大地时，他惟恐失去自己的天堂，强迫附近农民修筑州城，结果是“筑城筑怨，遂不堪命。”崇祯十六年三月，武岗四乡农民一万余人起兵黄桥铺，一举攻克州城。朱企钅豊被活捉处死，宫室也化作一片灰烬。这次起义经过了五个月才被官军扑灭，先后遭到屠杀的群众有一万多人。同年七月，由于岷藩祁阳王朱禋鉒“为虐地方，人心怨恨”，祁阳县农民也聚众起义，清算朱禋鉒的罪恶。朱禋鉒被吓得星夜逃往广西避难。
起义中提出的斗争口号和斗争目标，不仅是检验参加者觉悟水平的重要标志，也可以衡量当地阶级冲突深化的程度。上面列举的事例清楚地反映了，江南各地阶级斗争的形势已经达到爆炸的临界点，农民们再也不能忍受明王朝的暴虐统治了。