到崇祯十六年十一月，张献忠领导的大西军已经比较稳固地占领了湖南和江西的袁州、吉安两府。在这些地方派设了官员，建立了政权，形势相当可观。可是，就在这时，张献忠却毅然决定率领大西军主力西进四川，在湖广、江西只留下微不足道的一点地方武装，实际上等于自行放弃两省地方。张献忠为什么要这样做？封建史籍上说他是害怕左良玉部官军，才避而入川的。近年来，某些论著又认为这是流寇主义在大西军中的表现。我以为，张献忠之所以率部入川，在很大程度上是由于同李自成部义军的关系不好。他决策向四川转移正是李自成歼灭了孙传庭部官军席卷西北地区之时。这时明王朝覆灭的前景已经洞若观火，大顺军眼看就要着手实现统一全国的大业了。张献忠非常清楚，他既然不打算并入李自成的大顺军，自己又不甘心向李自成俯首称臣，那就只有另寻出路。他过去曾经一再进军四川，对这一带的地理条件有较深刻的了解。就全国而言，四川偏处一隅，北有秦岭，东有三峡，都是易守难攻的天险。蜀中又有丰富的人力、物力资源，足可立国图存。纵观历史，大凡天下大乱之际，在四川建立的割据政权一般都能够维持得比较长久。所谓“天下未乱蜀先乱，天下已定蜀后定”，正是这种历史状况的简单概括。在大顺政权行将统一全国的时候，既然不愿意放弃自己的独立地位，张献忠毅然放弃长江中游地方，远离他人的卧榻，就是不难理解的事了。
再看四川的情况，明朝末年这里的社会阶级矛盾十分尖锐，统治阶级的骄奢淫佚同农民的极度贫困形成了鲜明的对照。当时人士就曾对四川的社会状况作了这样的描述：
“……即如一服饰也，厌薄缟素，兢侈罗绮，僭制造奇，月异岁变；一宴集也，淡泊是鄙，丰厚相尚，邱糟林肉，海错山珍；一居处也，华堂绣户，卷雨飞云，园榭必花木盛植，池亭必鱼鸟备观；一烹宰也，祗顾适口，不惜物命，刳脔极殄极虐，炮灸极怪极惨；一田土也，富连阡陌，贫无立锥，侵谋膏腴，占人世业，欺夺孤弱，全我方圆。甚之交易则利己损人，营求则重息撒债，结处则口是心非，刁唆则舌剑唇枪，纵欲则贪刻奸淫，逞奸则阴谋下石，见人得志则嫉忌横生，闻人不幸则幸灾乐祸。又甚至贪官污吏、学霸势绅、市棍土豪、衙蠹宦仆，猫鼠固结，鱼肉善良，倾人之家，破人之产，鬻人之子，骗人之财，坏人之功名，害人之性命，淫占人之妻女，拆散人之婚姻。绅衿棍蠹，莫不万亩千楹，更锦衣而玉食；乡农佣贩，惟有佃田租屋，且啼饥以号寒。”
崇祯后期，明王朝在四川的统治业已摇摇欲坠，地方性的农民起义和民变风起云涌。其主要的表现便是：活动于川北和川东地区的摇黄十三家越来越活跃，川西等地以“打衙蠹”为号召的民变又方兴未艾。“摇黄十三家”起源于摇天动、黄龙为首的农民军。崇祯七年农民军大举入川后，有一小部分留在四川同当地群众结合，逐渐形成了十三支起义队伍。这十三家的首领是：争天王袁韬、震天王白蛟龙、整齐王张显、黑虎混天星王高、逼反王刘维明、夺天王某、闯食王某、争食王黄鹞子景可勤、二哨杨秉胤、六队马超、行十万呼九思、顺虎过天星梁时政、九条龙某等。他们活动于蜀中，很少同外面大规模的农民军直接配合作战，类似于河南、山东等地的地方性农民起义。摇黄十三家在前期是得到贫苦民众支持的，史料记载：“无聊穷人，背主黠仆，贼与此辈气味相投”，因此发展很快。后来由于缺乏正确的纲领口号，有的甚至蜕化变质，直接侵犯到一般群众的利益。但是，对明王朝来说，他们一直是造反的队伍，牵制了官军的力量，破坏了明政府统治的基础。明四川按察使司佥事张一甲在叙述大西军和大顺军分别进川“势如破竹”的原因时，曾经指出，“川非无兵，为摇黄折尽”。崇祯十六年，摇黄十三家的力量发展壮大，控制了川北巴州、通江、仪陇等州县，“官兵不能攻”。
“打衙蠹”的兴起表明四川人民同官府的矛盾已经达到白热化的程度。在明末农民战争的感召下，四川人民在崇祯十四年便到处揭竿而起，自发地对吏胥衙役、绅衿子弟、王府爪牙痛加惩处，即所谓“打衙蠹”。此类运动最初是在彭县爆发的，其他州县也闻风而动，如雅州“百姓各执枪捧进城，拆毁衙役房屋，打死蠢役数十人。上南州县，处处皆然，州县官惟闭署坐”。随着群众斗争的深入，内容也由“打衙蠹”而扩展为“除五蠹”：“一曰衙蠹，谓州县吏胥快皂也；二曰府蠹，谓投献王府、武断乡曲者也；三曰豪蠹，谓民间强悍者也；四曰宦蠹，谓缙绅家义男作威者也；五曰学蠢，谓生员之喜事害人者也”。到崇祯十六年，“打衙毒（蠹）之风渐炽，因岁饥，转掠富户。凡土官之积厚者皆被其害，如邛州之杨天官，毁其厅堂，掠其财物。如山之富，不待贼（指大西农民军）而乌有矣”。
很明显，人民群众已经自己起来斩除封建统治阶级的爪牙了，他们把矛头指向了整个官绅地主。四川地方当局开初还加以抚慰劝阻，指望大事化小，小事化无。不料百姓们根本不听，乱子越闹越大，以致不可收拾。官僚们改而动用武力，调军队和土司兵对人民群众的这种自发斗争进行血腥镇压。山雨欲来风满楼，这就是大西军入川时的蜀中形势。
张献忠决策入川后，大西军就由湖南常德、澧州北上湖北荆州、夷陵。原活动于这一地区的老回回马守应，由于同李自成有隔阂正处于徬徨无适的境地。张献忠部义军到来之时，马守应已经病重，不久死去。部众遂加入了大西军，随同进川。张献忠还注意招集荆州、宜都等地的群众入伍，所以兵势非常强盛。一六四四年春，大西军逆江而上，水陆并进。四川官军的防御力量相当薄弱，大西军“越下牢，渡三峡，古称天险，如蹈无人之境”。于二月间占领万县，明总兵曾英率部退守涪州（今涪陵）望州关。
由于江流湍急，两岸高山难行，大西军在行进中队伍拉得很长，后续部队一时跟不上来；加之兵员和随军家属人数相当庞大，沿途又都是生产不发达的地区，筹集粮草极不容易。因此前锋到达万县后，滞留了三个月才继续西进。六月初八日，大西军攻克涪州，明守道刘龄长逃往綦江。十一日，张献忠下令分兵两路进取重庆，水路溯江而上，陆路取道南川县，约定十八日会合于重庆城下。张献忠乘坐大船，船上悬挂着“澄清川岳”字样的黄旗，在重庆附近登岸，同麾下将领观察了地形。攻城之前，他派人劝说重庆守城官员投降。明守土官员问张献忠大军此次入川的意图何在？使者回答说：“暂取巴蜀为根，然后兴师平定天下。归诚则草木不动，抗拒即老幼不留”。明官僚拒绝投降，献忠即部署攻城。重庆位于长江和嘉陵江汇合处，三面临江，是一座易守难攻的山城。大西军从西面陆路先攻占浮图关，进抵城下。六月二十日，张献忠命军士用火药炸开通远门附近的城墙，一举攻克了重庆。明瑞王朱常浩、四川巡抚陈士奇、重庆知府王行俭、巴县知县王锡等都被处死。张献忠下令把据城抗拒的官军士卒砍去一只手，然后释放。这些人逃窜所过地方，军民震骇，纷纷瓦解。大西军稍事休整后，除留下刘廷举带着为数不多的军队镇守重庆外，大军即分水陆两路向成都进发。
成都是明蜀王的封地。从洪武年间起，朱椿的后代即凭借政治势力，霸占了跨府连县的腴田沃土，积攒起惊人的财货，过着骄奢淫佚的糜烂生活。史载第一代蜀王朱椿就霸占大量土地，共建了三百多个王庄，“王膳”一天由一个王庄供应，一年之间才轮换一遍，“故富无与比”。到万历年时，王府庄田已经占了利用都江堰水灌溉的十个州县土地的十分之七，还不包括蜀府亲王、郡王，将军、中尉的禄米、杂项收入和差徭。末代蜀王朱至澍听说京师失守、崇祯自尽，竟然异想天开地希望得到四川地方文武官员的支持，先就监国之位，然后黄袍加身。四川巡按御史刘之勃以朱至澍的世系太远为理由坚决反对，其他一些官员也表示冷淡。朱至澍的皇帝梦做不成，大为恼怒。当大西军和大顺军分别由湖广、陕西进川时，地方官感到形势严重，曾请求蜀王出钱募兵。朱致澍怀恨在心，又舍不得出钱，皱起眉头说：“孤本无蓄，止有承远殿一座，如可变，请先生卖以充饷”。等到大西军攻破重庆，瑞王被杀的消息传来，朱至澍才慌了手脚，打算带着宫眷财宝逃往云南。地方官耽心会引起人心涣散，不让他走。朱至澍无法，只好拿出银子募人守城，宣布应募者“人给白金五十两”。但为时已经晚了，“应募率皆游手无赖，方授兵登陴，各怀镪超堞而去”。
六，七月间，正当大西军由重庆向成都推进的时候，李自成任命的大顺政权四川节度使黎玉田、怀仁伯马科统兵一万从汉中入川。当时，李自成已经败回西安，明知张献忠部已由湖广进川。尽管李自成的遣军入川和任命四川地方官员，是在北京期间决定的，这时对付清军已感到力量不足本应立即撤回入川军队，加意同张献忠修好，共同抗清。可惜他没有这样做，其中原因目前说不清楚。七月，黎玉田、马科所统大顺军进入川北重镇保宁（今阆中县）。
明王朝在四川的统治已经面临末日，成都居民“每夜呼曰：闯至矣！明日又呼曰：献至矣！”惶惶不可终日。八月初五日，大西军到达成都城下。初九日，破城而入。朱至澍和王妃投井死，新任巡抚龙之光、总兵刘佳胤投水自杀。巡按刘之勃被活捉，张献忠劝他投降，他却顽固不化，被处死。献忠封蜀世子为太平公，不久也杀掉。
占领成都以后，张献忠派出大将分别领兵收取四川各府、州、县和各土司。大都望风而下，“州县争封府库应伪命”。邛州的生员听说大西军占领了省城，自动聚集群众“伐鼓大噪，索印款贼”。在很短的时间里，除了遵义（今属贵州省）和石柱、黎州土司以外，四川地区便大都处于大西政权的管辖之下了。