崇祯十一年二月李自成等部出川以后，在力量对比上处于不利地位。当时，大部分起义军在中原地区活动，留在西北地区的只是李自成、过天星等为数不多的几支义军。他们碰上的对手陕西三边总督洪承畴和陕西巡抚孙传庭，在明官僚中都是比较狡猾也比较卖力的。陕西（包括三边）的官军比较骠悍，号称“敢战”。就时间而言，又正赶上明廷“三月平贼”的最后期限。洪承畴和孙传庭同朝内掌兵权的杨嗣昌有矛盾，唯恐追剿不力，会受到朝廷的处治。因此，他们以百倍的疯狂分头扑向由川返陕的起义军。李自成部在洪承畴所统总兵曹变蛟、左光先、祖大弼、副将贺人龙等部官军的追击下，出川不久就在河州、洮州（今甘肃临夏和临潭附近）地区两次战役（三月十九日、二十日）中连遭失利，人员和马匹损失很大。李自成带着败兵向西进入少数民族地区打算补充马匹，洪承畴的官军却尾追不舍。四月，李自成部只好又折而东返，从甘肃巩昌府属的羊撒寨渡过洮河，昼夜兼程向西和、礼县进发。为免被追剿的官军发觉，李自成决定采取分散隐蔽的方式，命刘体纯（绰号二虎）等“分路另走”；自己也“踪迹益加诡秘，且避走山中，掩藏行径。”四月初十日，李自成亲自带领起义军战士和家属三百人，行至甘肃礼县北名叫马坞的地方。明总兵左光先领着部下官兵于次日黎明追至，两军相距不过四、五十里，李自成等人处境相当危险。幸亏官军在马坞歇息一日，起程时又判断错误，李自成才得以摆脱官军的追击，进至陕、川交界地区，同部将李过、刘体纯等带领的队伍汇合。事后，洪承畴懊丧不已，在给朝廷的报告中悲叹道：
“夫闯将为诸贼中元凶，仅领三百丧败之众抱头鼠窜，诚数年未有机会，即穷日夜之力，身先士卒，不顾性命，以擒斩此贼，亦是应得责任。无奈计算不到，追赶不紧，使元凶脱然远逝。目前既不成一股完功，将来尤必费兵力殄灭。光先何所辞责？”
李自成部在陕甘失利后，于五月间会同六队祁总管部共三千多人进入四川境内。洪承畴急忙指派陕西监军道樊一蘅督促副将马科、贺人龙部官军进川追击；自己带总兵曹变蛟、王洪赶到西乡县；檄调总兵左光先率部进驻汉中府；在甘肃阶州、徽州、文县和陕西略阳一带也部署了兵力，挡住起义军北返和西进的道路。七月十三日，马科、贺人龙部同起义军交战于四川广元。四川巡抚傅宗龙唯恐义军又象崇祯十年那样直入成都平原，故调集了四川官军和他从云南带来的部分军队，配合陕西官军夹剿。八月初五日，双方作战于南江县境，义军因众寡不敌，夺路北奔。十六日，到陕西城固县境，打算渡汉水，取道石泉、兴安往湖广、河南。渡河时，遭到左光先部官军的袭击。这时义军只剩下一千四，五百人，不足以对付官军，因而退入附近山区。在艰险的形势下，六队头目祁总管灰心丧气，带着部下六百多人向左光先投降。李自成部力量更形单薄，只得转入深山密林，使官军摸不着踪迹。李自成本人，“夜则山林藏身，不敢入窝铺宿歇。”洪承畴以为全胜在望，夸下海口说：“闯将同零伙散贼，暂尔逃命。……计必擒斩于官兵之手，不则，亦困毙山林间。”可是，李自成却以坚忍不拔的意志，带着为数不多的残兵败卒，巧妙地摆脱了官军的重兵追剿，向东转入陕西、湖广、四川三省交界的大山区，尽量避免同大股官军正面交锋。从崇祯十一年八月到崇祯十三年秋天李自成部进入河南的两年时间里，我们对这支义军的活动情况了解不多，其原因是此时李自成部兵员相当少（大约在一千人上下），活动地区又是人烟稀少处，明政府把注意力转到了实力较强的张献忠、罗汝才、老回回、革里眼、左金王等部身上，所以关于李自成的记载不多。甚至有的官员还以为李自成已经死去，部众非死即散。
从崇祯十一年冬到十三年冬的两年时间内，李自成起义军发挥的作用，远不能同张献忠等部相比。这期间李自成部虽然进行了一些战斗，但规模比较小，战果也不大，在记叙上从简是可以的。然而，清初以来的史籍作者，由于主观和客观种种原因，没有查考出此时这支义军的动向，却不愿意在叙述上留下一大段空白，就依据传闻或自己的推测来填补材料的不足。这样，就出现了许多虚构的记载，其中不少到今天还为一些史家沿袭，传布得很广。这些虚构的记载包括所谓“潼关南原大战”；“大战”的结果是李自成惨败，率残部“息马深山”；直到崇祯十二年五月张献忠谷城再起之后，才收拾旧部同张献忠、罗汝才相呼应，并在次年冬天率部突入河南。经过近年来的探讨，对李自成起义军这段期间的经历了解得多了一些，但仍然留下了一部分空白。由于李自成部在这两年时间里的活动对全局影响不大。没有必要把目前掌握的片段材料一一列出。但是，应当指出，在整个明末农民战争处于低潮，许多实力较强的起义军都卷入了投降受抚的逆流时，李自成部尽管在军事上和生活上都处于极其困难的境地，却“始终不受抚”，表现了起义农民的耿耿正气。