凤阳被起义军攻克之后，朱由检气急败坏，严令追查责任。结果凤阳巡抚杨一鹏被处死列，巡按凤阳御史吴振缨遣戍，守陵太监杨泽畏罪自杀。对起义农民，朱由检更以百倍的疯狂加紧镇压。他一面“谕中外刷国耻，尽心杀贼”；一面调洪承畴所统陕西兵出关，同中原各省官军夹剿。经过一番紧张的调兵遣将，明政府终于拼凑了边、腹官兵七万有奇。发京、省、帑金一百多万两充作军饷，并且立下限期，规定六个月内把农民起义全部荡平。
鉴于陕西官军出潼关进入中原，起义军“遂由潼关、内（乡）、淅（川）诸路尽数归秦。”这时，陕西的情况是“残破已极，灾荒异常”，农民们求生无望。大队起义军入秦后，饥民“从贼者如归市”，参加起义的总人数很快就达到二百万人以上。
四月间，洪承畴所领官军刚到河南汝州，就得到了起义军大举入秦的消息。他只好同部将贺人龙、刘成功又拉起队伍赶回陕西，同时檄调总兵曹文诏由湖广移驻陕西商洛、兴安地区，扼守起义军出入河南、湖广的通道。就当时的形势而言，起义军主力集中于陕西，洪承畴部官军的力量是比较单薄的。然而，洪承畴迫于“六月灭贼”的严旨，只有硬着头皮命令所部将领狠命追剿。六月，李自成部围攻甘肃宁州（今宁县），明副总兵艾万年、刘成功、柳国镇、游击王锡命奉命引兵三千往援，双方交战于宁州襄乐镇。官军支持不住，被迫撤退，行至巴家寨时起义军伏兵四起，把官军包围得严严实实。艾万年、柳国镇均被击毙，部卒被歼灭一千多人。刘成功、王锡命身负重伤，领着残兵败卒突围逃走。
艾万年、柳国镇兵败身死的消息传到曹文诏耳朵里，这个农民军的死敌瞋目大骂，拔刀砍地，向洪承畴请求让他出马同起义军决一死战。“承畴喜曰：非将军不足办此。顾吾兵已分，无可策应者。将军行，吾将由泾阳趋淳化，以为将军后劲。”曹文诏骄横地带着三千部卒向甘肃进发，在真宁（今正宁）县境的湫头镇同起义军相遇。起义军看准了这个军阀轻敌寡谋的特点，采取诱敌深入的战术，“伏数万骑，四起合围，飞矢蝟集。”曹文诏陷入重围，自知无法脱身，拔刀自刎而死。洪承畴得到报告以后，仰天恸哭，追悔不已。在明末官军中，曹文诏历来以“敢斗”著名，是个杀人不眨眼的刽子手。史载，“诸将在阵，于胁从者纵令逃去，文诏必尽杀，无一存者。（其侄）变蛟亦然。”崇祯七年正月兵部题本中说：“曹变蛟一旅大为民害。数日前臣部差官收得沿途谣帖数纸云：‘宁被流贼抢，不教曹兵挡。流贼抢有限，曹兵害无穷。流贼抢民财，曹兵杀民命’等语。”由于曹文诏疯狂地仇视人民，地主豪绅们才把他看作自己的一张护身符，编造了“军中有一曹，流贼闻之心胆摇”的口号给他打气。他的被李自成等部所围歼，大灭了反动统治者的威风，“关外豫楚诸官军闻之，皆为夺气。”
李自成等部起义军在陕西连续取得重大胜利，给明总督洪承畴所部官军以沉重的打击。可是，当时陕西由于天灾人祸，到处一片萧条。起义军的人数大幅度增加，寻找口粮自然很不容易。所以，从这年秋天起，除了李自成等部为数不多的几支义军仍留陕西外，闯王高迎祥、老回回马守应、八大王张献忠、一字王、撞天王等部几十万人又东出潼关，进入河南。史籍记载：义军“大队东行，尘埃涨天，阔四十里，络绎百里，老弱居中，精骑在外。”明总兵左良玉、祖宽两军相隔七十里，“遥望山头，不敢邀击。”
在农民军力量迅速增长的形势下，明廷眼看总督五省军务的洪承畴连陕西一隅之地也穷于应付，现在起义军又大举出关，更不是洪承畴力所能及。因此朱由检在崇祯八年八月，决定任命湖广巡抚卢象升总理直隶、河南、山东、四川、湖广等处军务，带领总兵祖宽、祖大乐、副将李重镇所统关辽兵和当地驻军夹剿，赐尚方剑便宜行事。明确地划分了职权范围：“洪承畴督剿西北，卢象升督剿东南。”明廷增设负责中原地区追剿事宜的五省军务总理一职，反映了起义农民力量的增长，使统治者不得不动员全国的力量来对付农民起义。
从崇祯八年底到九年上半年，起义军同官军作战的主要情况是：以闯王高迎祥为主力的各支义军转战于河南、安徽、湖广，对手是卢象升统率的官军。在陕西和三边地区则是李自成和过天星等数部，转战于汉中，西安、延安一带，同洪承畴所统陕西官军周旋。
卢象升曾经谈到这个期间他同高迎祥等部作战的情形：
“两月来奔驰于汝、宛、河、雒之间，万分忙苦。贼多而且横，前后俘斩虽有数千，尚非荡平胜著。必于（九年）正、二、三月内先剿尽闯王一股，余贼方可次第歼散。闯王之贼大约有七万余，妇女可一、二万，丁壮可一、二万，精骑可三、四万。此贼不让安、史，庙堂或未之深知耳。顷自秦中洪亨老（指洪亨九，即洪承畴）与之大战三次。近入豫地，某与之大战两次。计禽斩死伤逃散可二万计，现今尚有五万，依然劲敌也。又他贼五、六股，见剿兵渐集，皆与闯贼合群，是以势益多。今合奔东南一带，楚、黄、凤、泗、淮、扬，俱大可虑。某故星驰而南……。”
九年正月，闯王高迎祥、八大王张献忠等部东下安徽，围攻滁州，对明留都南京造成重大威胁，卢象升匆忙领兵来救。起义军转攻凤阳，不克。乃经怀远，蒙城、亳县入河南归德府（今商丘地区）。二月间，高迎祥等部由密县、登封西进至嵩县，大败官军，明总兵汤九州被击毙。以后不久，高迎祥等部又回到陕西。
当高迎祥等部东出河南、安徽的时候，李自成、蝎子块、过天星、满天星、混天星等部继续在陕西坚持斗争。是时，“闯将有三、四万人，过天星、满天星、混天星皆有三万人。”八年十一月，李自成和满天星、六队、争功王四支共十三营，合计精骑数万，由西安地区经同官、宜君、宜川，绕到韩城，拟待黄河冰冻后转入山西。由于这年冬季气温较高，河水没有封冻；明山西巡抚吴甡又加强了防河兵力，入晋的计划未能实现。李自成等部在韩城县境驻扎了四十多天，直到九年正月十二日才起营前往郃阳、澄城。二月，洪承畴纠集官军二万拼命追击，李自成和混天星从澄城经韩城、郃阳、宜川、洛川、鄜州（今富县）、延安、环县、庆阳、固原一线而走。过天星、满天星部则由真宁、合水东入陕西高陵、三原地区。洪承畴耽心省城西安有失，被迫分兵追剿。他自带一军返回陕西镇压过天星、满天星二部，让部下将领继续西追李自成和混天星。洪承畴所领官军在中部县（今陕西黄陵）追上过天星和满天星。由于官军势大，过、满二部避而不战，向西开拔同李自成、混天星会合，打算进攻甘肃兰州。洪承畴檄调左光先和甘肃总兵柳绍宗合击起义军于干盐池（今属宁夏海原县）。义军大败，过天星（即张天琳）请求投降。明陕西巡抚甘学阔安插其部数万人于延安，不久又飏去。
正当双方相持之际，二月初十日，宁夏官军士卒由于长期缺饷，发生兵变，巡抚王楫被杀。洪承畴感到一省长吏被杀，事态严重，亲自赶到宁夏固原去处理。李自成、满天星等部“势复振”，趁机进攻陕北榆林、绥德一带。五月，李自成、张天琳等部与官军作战于安定。官军大败，总兵俞冲霄被活捉处死，副总兵李成也被击毙，士卒被歼灭三千人。起义军乘胜进攻米脂，不慎中了明将贺人龙的埋伏计，损失很大。又碰上大雨，无定河泛滥，不少起义军战士被洪水淹死，李自成、刘宗敏、张能等只剩下数百骑脱出险境。这时，李自成的部将高一功带了一万多人从固原来，会师之后声势复振。李自成遂联合在陕北的其他各支义军连续攻克延川、绥德、米脂。米脂是李自成的家乡，这次返里对当地群众是个有力的号召，“其亲故从乱如归”。