陕西的起义农民被淹没在血泊中后，明廷即着手加强山西的围剿力量。崇祯五年十二月初七日，临洮总兵曹文诏奉命和部将马科、曹变蛟等人一道，带领“逐一挑选、屡经战阵”的马步兵丁三千五百人由甘肃庆阳开拔，经潼关渡河，前往“山西蒲州、河津贼聚等处，转至平阳、潞安一带各贼四犯地方”。明廷对曹文诏部入晋会剿寄予很大希望。朱由检亲自批准给他先加升一级，授权“节制秦，晋诸将。”马科、曹变蛟等也分别升官以资鼓励。统治者希冀把陕西的战果扩大到山西，一场围歼山西起义军的战斗就要开始了。
为了对付鏖集山西的官军，起义军采取了避实就虚的策略。崇祯六年正月，他们东跨太行山进入畿辅地区，出现在顺德（今河北省邢台地区）、真定（今正定）两府境内。这使明政府深感不安。给事中孟国祚上言说：
“畿南咽喉重地，顺德为大平原，千里直走京师，非有河山为之蔽也。今晋有曹文诏、张应昌；豫有左良玉、邓玘，贼将何之乎？昔之秦驱于晋，晋驱于豫者，今转而驱之顺德矣。”
为了堵御起义军进入畿南平原地带，保护京师的安全，明廷急忙抽调通州兵二千，昌平兵二千，会同保定总兵梁甫部八千人，配合大名兵备道卢象升和山西官军夹剿。
在同官军作战中，起义军充分发挥了流动作战的优越性，他们在晋、冀、豫三省接境地区不断转移，避开官军的重兵，相机出击。这就使官军处于被动挨打的地位，统治阶级内部的矛盾也激化了。兵部指责“河南不塞太行之险，揖贼使入，不得无罪。”河南的乡绅们向朝廷请求，由陕西总督洪承畴兼管山西、河南军务。兵部同意了这个方案，认为可以统一事权，防止各省互相推诿，便于全面部署对起义军的围剿。兵部还建议洪承畴移驻三省交界的潼关，监制山西、河南二巡抚和曹文诏、邓玘、张应昌三总兵。可是，这时朱由检还不愿意让臣下掌握较大的权力，没有同意。他把起义军活跃于三省归咎于官军作战不力，派太监陈大奎、阎思印、谢文举、孙茂霖为内中军，分别出任曹文诏、张应昌、左良玉，邓玘四镇的监军。这件事进一步暴露了朱由检独夫民贼的反动本质。他的统治越是不稳，就越不相信人。在他看来，太监是自己身边的亲信，派到军中充当耳目，可以防止文武官员的欺蒙。实际上，宦官们擅长的只是巧言令色骗取皇帝的信任，借以招权纳贿。在军事上他们完全是外行。所谓“监纪功过”，不过是给他们提供一个发财的机会罢了。地方上的文武官员，为了让他们在皇帝面前说点好话，从贪污所得中分给一些油水，也就串通一气，互为表里了。以惩治阉党而一度博得好评的朱由检，在失望之余，终于走上了万历、天启两朝重用宦官的老路。
起义军在畿南地区同官军作战互有胜负。由于当时起义农民的力量还敌不过官军，华北大平原上又无险可据，在朝廷逐渐加强这一带防守力量以后，起义军就转入太行山区。明潞王分封在卫辉府（府治在河南汲县），他眼看农民军在豫北的力量越来越大，封地岌岌可危，乃上疏告急，请求朝廷“早行剪薙，毋轻视贼。”朱由检特命倪宠、王朴任总兵，太监杨进朝、卢九德为监军，统京营兵六千往豫北征讨义军。官军倚仗优势兵力，逐渐把起义军主力压缩在河南省的黄河以北地区。明政府以为北有重兵，南扼大河，可以把起义军消灭在这里。
崇祯六年五月，起义军的一位重要首领紫金梁（王自用），在河南济源病死了。王自用在王嘉胤牺牲以后，曾被在山西的各支起义军推为盟主。后由于明官僚施展离间计，使紫金梁和其他首领人物之间有了隔阂。据某些史籍记载，他本人也曾发生过动摇，有接受明政府招安的企图。尽管如此，王自用在当时仍然是一位有影响的领袖人物。明河北兵备道曹应秋就说过：“惟紫金梁死，其党归闯将，无复称其号。此贼似能统领诸贼也。此贼死后，众贼各自为队，时分时合。”这说明王自用的病死，在一定程度上增加了起义军处境的困难。
崇祯六年冬，明政府调来的官军云集于晋、冀、豫三省的交界地区。由于当时主要的战场已经移到了豫北，因此河南省的官军称为主兵，共有八千三百余名；山西、河北和京营客兵达一万九千六百人，加上曹文诏等所统陕西兵，参加围剿的官军总数当在三万以上。起义军活动的余地越来越小，粮食给养都极感困难，面临着被官军围歼的危险。于是，起义军首领们竭力谋求摆脱困境的办法。十一月，张妙手、闯塌天、满天飞，邢红狼、闯将（李自成）等，向京营总兵王朴伪称愿意接受招安，“叩首言：我等皆良民，因陕西荒旱，致犯大罪。今誓归降，押还故土复业。”王朴和监军太监杨进朝、卢九德不知是计，以为不费吹灰之力，便可顿时弭平大患，同意接受投降。十九日，起义军首领人物贺双全、张妙手等十二人，亲至河南彰德府武安县（今属河北省）面见王朴、杨进朝、卢九德以及兵备道常道立，表示接受招安的“诚意”。杨进朝等信以为真，马上向朝廷奏报，同时停止了对起义军的进剿。据史籍记载，当时在武安开报的诈降起义军首领名单为：
贺双全 新虎 九条龙
闯王（高迎祥） 领兵山 勇将
满天飞 一条龙 一丈青
哄天星（当作混天星——引者）
三只手 一字王 闯将（李自成）
蝎子块 满天星 七条龙
关锁（当作关索——引者） 八大王
皂莺 张妙手 西营八大王（张献忠）
老张飞 诈手 邢红狼
闯塌天（刘国能） 马鹞子
南营八天王 胡爪 哄世王（当作混世王——引者）
一块云 乱世王 大将军
过天星（惠登相） 二将
哄天王（当作混天王——引者）
猛虎 独虎 老回回（马光玉）
高小溪 扫地王 整齐王
五条龙 五阎王 邢闯王
曹操（罗汝才） 稻黍杆 逼上路
四虎 黄龙 大天王 皮里针
张飞 石塌天（当系射塌天李万庆——引者）
薛仁贵 金翅鹏 八金龙
鞋底光 瓦背儿 刘备
钻天鹞 上天龙
共计六十一名。
起义军以伪降为掩护，麻痹了明朝当事的文武官员，向官军士兵和地方百姓购买裘、靴等衣物，积极准备渡河而南。二十四日，天气骤寒，山西垣曲到河南济源之间的一段黄河封冻成桥。起义军乘官军不备，用门板铺在冰上再加一层土，分三路驰马而过，到达河南渑池县境的马蹄窝、野猪鼻。明河南防河中军官袁大权仓猝迎战，被起义军击毙。起义军主力就这样一举突破了黄河天险，把明政府调来的重兵甩在后面。从此，农民军在更广阔的地面上往来驰骋，明末农民战争进入了一个新的阶段。